Seligenstadt, zum ersten Mal 918 erwähnt, gehört seit mehreren Jahrhunderten zu Prosselsheim. Das heute größte Gut Bayerns mit ca. 600 ha wird vom Juliusspital Würzburg in Eigenregie betrieben. 1499 standen in Seligenstadt 21 zerstörte Höfe. Viel Feldbesitz lag unbebaut, die Seligenstädter wohnten in den umliegenden Orten. 1582-83 ließ Fürstbischof Julius Echter den Feldbesitz aufkaufen und große Pachthöfe daraus bilden.
Seit 1854 liegt Seligenstadt an der Eisenbahnstrecke Bamberg-Würzburg (Ludwigs-Westbahn), später Berlin-Stuttgart. Es erhielt einen großen Bahnhof, ab 1909 war dieser auch Umsteigebahnhof für die Lokalbahn nach Volkach. Die kleine Wohnsiedlung erwuchs aus einem 1935 entstandenen Fliegerhorst der Deutschen Luftwaffe mit Treibstoff- und Munitionslager. Nach dem 2. Weltkrieg wurde hier ein DPCamp für Litauer und ein Wohnlager für Heimatvertriebene aus den deutschen Ostgebieten errichtet. In einem Teil der Lagerbauten sind seit 1946 die Verwaltungsgebäude der Kleinwanzlebener Saatzucht (KWS) und Tochterfirma F.v.Lochow-Petkus untergebracht.